Chủ chuỗi liên kết trong chương trình mục tiêu quốc gia là một hình thức phối hợp hoạt động giữa các đối tượng kinh tế trong chuỗi giá trị sản xuất và tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp. 
Theo Nghị định số 38/2023/NĐ-CP ngày 24/6/2023 sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 27/2022/NĐ-CP quy định cơ chế quản lý, tổ chức thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia.
Ngân sách nhà nước hỗ trợ tối đa không quá 80% tổng chi phí thực hiện một dự án, kế hoạch liên kết trên địa bàn đặc biệt khó khăn; không quá 70% tổng chi phí thực hiện một dự án, kế hoạch liên kết trên địa bàn khó khăn; không quá 50% tổng chi phí thực hiện một dự án, kế hoạch liên kết trên địa bàn khác thuộc phạm vi đầu tư của các chương trình mục tiêu quốc gia1.
Cách thức lựa chọn chủ chuỗi liên kết trong chương trình mục tiêu quốc gia phụ thuộc vào từng chương trình mục tiêu quốc gia. Nội dung hỗ trợ từ vốn ngân sách nhà nước thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia theo hướng dẫn của cơ quan chủ quản chương trình phù hợp với từng chương trình mục tiêu quốc gia1.