Cơ quan nhà nước được hiểu là hệ thống các cơ quan thực hiện chức năng lập pháp, hành pháp và tư pháp được tổ chức từ trung ương đến địa phương. Bao gồm:
- Các cơ quan quyền lực nhà nước (các cơ quan đại diện): Quốc hội và Hội đồng nhân dân các cấp ở địa phương.
- Các cơ quan hành chính nhà nước, bao gồm các cơ quan hành chính nhà nước ở Trung ương như: Chính phủ (Bộ, cơ quan ngang Bộ) và cơ quan thuộc Chính phủ, các cơ quan hành chính nhà nước ở địa phương gồm: UBND các cấp, các cơ quan chuyên môn thuộc UBND các cấp.
- Các cơ quan Tòa án và Viện Kiểm sát các cấp.
Các đơn vị sự nghiệp (công lập) là một bộ phấn cấu thành cơ cấu tổ chức của các cơ quan hành chính nhà nước. Các đơn vị sự nghiệp do cơ quan nhà nước có thẩm quyền thành lập, có tư cách pháp nhân, có tài khoản, con dấu riêng, thực hiện chức năng phục vụ quản lý nhà nước hoặc cung cấp sản phẩm, dịch vụ công trong các ngành, lĩnh vực theo quy định của pháp luật, như: viện nghiên cứu, bệnh viện, trường học…Như vậy cơ quan bao gồm cả đơn vị.